NIMSは大学と協定を締結し、NIMSの研究者が締結先の大学院生に、最先端の研究を通じて学位取得を含んだ指導をおこなう「大学院制度」を整備しています。この大学院制度を利用して学位を取得した学生の多くが、卒業後に有数の機関に羽ばたいています。その中の一部には、NIMSでポスドクとして研究を続ける人もいます。