NIMSでは平成24年度から、高専機構が全国の都道府県に設置する高等専門学校に在籍する高等専門学校生のNIMSインターンシップ制度による受入を開始しました。平成25年度は、南は熊本から北は北海道まで、13校28名をインターンシップ生として受け入れました。この実績を踏まえ、全国の高等専門学校を統括する高専機構との更なる連携を強化するため、平成26年1月20日にNIMSにて連携・協力に関する協定の調印式が行われました。NIMSにとって、高専機構との協定締結がなされたことから、高等専門学校生の受入を通じた全国の各高等専門学校との研究交流・連携が一層加速されることとなります。