Date & Time |
17 November 2009 (Tue), 13:30 am - 15:00 am
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Place |
6F seminar room, Central Bldg., Sengen site
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Speaker |
Dr. Yuto Komeiji(古明地勇人博士)
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Affiliation |
AIST & Rikkyo Univ. (産総研計算科学研究部門&立教大学大学院理学系研究科)
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Title |
フラグメント分子軌道法による分子動力学シミュレーション/Fragment MO Molecular Dynamics (FMO-MD)
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Abstract |
北浦らが1999年に発表したフラグメント分子軌道法(Fragment molecular orbital method, FMO)は、巨大分子系の電子状態計算法として、発展してきた。2003年には、FMO法を利用した分子動力学法、FMO-MD法も開発され、最近は、水溶液中の低分子化合物を対象に、応用計算がなされるようになってきた。今回のセミナーでは、以下の内容を中心に、FMO-MDの様々な側面を紹介したい。
・FMO法の原理と計算例（水溶液中のタンパク質の電子状態）
・FMO-MD法の原理とプログラム(PEACH/ABINIT-MPXシステム、ブルームーン法）
・FMO-MD法の応用計算（SN2反応のシミュレーション）
・FMO-MD法の改良（３体効果の導入と汎用自動分割アルゴリズム）
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Contact |
Dr. Hiori Kino(木野日織） 
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Fragment MO Molecular Dynamics (FMO-MD)
