外部事後評価は研究プロジェクト22課題を萌芽研究21課題 (年間の運営費交付金額2,000万円以上の課題) と一緒にし、合計43課題を類似課題ごとに 12グループ (1グループ当たり3~5課題) に分けて実施しました。評価項目としてマネジメント・実施体制、アウトプット、目標の達成度・アウトカム・波及効果、総合評価を設定しました。各項目の評価点は10点満点で、例えば総合評価の評価点・評価基準は9点 : すべての点において模範的に優れている、7 点 : 総合的に優れている、5点 : 平均的、3点 : 期待されたほどではなかった、等としました。事後評価の結果、研究プロジェクト22課題の総合評価点は9点が8課題、8点が8課題、7点が4課題、6点が2課題でした。また一般にも分かり易いように、S, A, B, Cの4段階評価で表すと (10点満点法の、9点・10点をS、8点をA+、6点・7点をA、5点をA-、3点・4点をB、0点~2点をCとする。) 、Sが 8課題、A+が8課題、Aが6課題に相当しました。
なお、第一期中期計画から第二期中期計画において、内容的に継続された研究プロジェクトあるいは一部修正された研究プロジェクトでは、平成18年度に行われた事後評価結果の内容は平成18年度後半から研究プロジェクトに反映されます。事後評価結果の予算・人員等の研究資源への反映は、平成19年度には可能となります。
このページでは、独法化以降に評価が行われたものを、中期計画の項目順に掲載しています。