平成14年度内部評価
平成14年度終了の萌芽研究は49課題、平成15年度開始の萌芽研究は48課題ありました。 終了49課題のうち、13課題は S : 特に優れている、29課題は A : 優れている、7課題は B : 普通である、と評価されました。 なお、 F : 劣っている、はありませんでした。
開始48課題のうち、16課題は S : 新規課題として優れておりそのまま実行すべきである、と評価され、29課題は A : 新規課題として適切であり実行すべきである、と評価されました。また3課題は、 B : 新規課題として内容を一部修正して実行すべきである、と評価され、内容修正後、研究が実施されました。 なお、F : 新規課題として不適切である、はありませんでした。
平成15年度内部評価
平成15年度終了の萌芽研究は40課題、平成16年度開始の萌芽的研究は40課題ありました。 終了40課題のうち、14課題は S : 特に優れている、26課題は A : 優れている、と評価されました。
また、開始40課題のうち、11課題は S : 新規課題として優れておりそのまま実行すべきである、と評価され、29課題は A : 新規課題として適切であり実行すべきである、と評価されました。
平成16年度内部評価
平成16年度終了の萌芽研究は16課題、平成17年度開始の萌芽研究は30課題ありました。終了16課題のうち、6課題は S : 特に優れている、7課題は A : 優れている、3課題は B : 普通である、と評価されました。
開始30課題のうち、15課題は S : 新規課題として優れておりそのまま実行すべきである、と評価され、14課題は A : 新規課題として適切であり実行すべきである、と評価されました。また1課題については、 B : 新規課題として内容を一部修正して実行すべきであると評価され、内容修正後、研究が実施されました。
平成16年度~17年度実施課題の外部評価
平成16年度から17年度までの2年間に実施された萌芽研究のうち、1年間の運営費交付金配分額が2,000万円を超える21課題については、外部評価委員による事前評価及び事後評価を実施しました。
平成16年度に行った事前評価では、21課題を類似課題ごとに5グループ (1グループ当たり4~5課題) に分け、評価委員会を開催し、研究内容のブラッシュアップを図りました。評価項目は、課題の設定、課題への取組み方法、研究計画、総合評価としました。21課題のうち、10課題は S : 新規課題として特に優れておりそのまま実行すべきである、9課題は A : 新規課題として優れており実行すべきである、1課題は B : 新規課題として一部修正して、実行すべきである、1課題は判断留保と評価されました。なお、 F : 新規課題として不適切である、はありませんでした。 平成18年度に行った事後評価では、萌芽研究21課題を研究プロジェクト22課題と一緒にし、合計43課題を類似課題ごとに12グループ (1グループ当たり3~5課題) に分け、外部評価を実施しました。評価項目は、マネジメント・実施体制、アウトプット、目標の達成度・アウトカム・波及効果、総合評価としました。事後評価は10点満点で、例えば、総合評価の評価点・評価基準は、9点 : すべての点において模範的に優れている、7点 : 総合的に優れている、5点 : 平均的、3点 : 期待されたほどではなかった、等としました。その結果、21課題の総合評価点は、10点満点法で、9点が3課題、8点が10課題、7点が6課題、6点が2課題ありました。また、一般にも分かり易いように、従来の評価点との関連でS, A, B, Cの4段階評価で表すと (10点満点法の、9点・10点をS、8点をA+、6点・7点をA、5点をA-、3点・4点をB、0点~2点をCとする。) 、Sが3課題、A+が10課題、Aが8課題に相当しました。