Application of fragment molecular orbital (FMO) method to nano-bio field

9 March 2007 (Fri), 1:30 pm - 3:00 pm

8F larger seminar room, Sengen site

Dr. Tatsuya Nakano(中野達也博士)

National Institute of Health Sciences / IIS, University of Toky(国立医薬品食品衛生研究所／東京大学生産技術研究所)

Application of fragment molecular orbital (FMO) method to nano-bio field

フラグメント分子軌道(FMO)法のバイオ・ナノ分野への応用

Kitaura et al. (Chem. Phys. Lett. 312, 319-324 (1999)) have proposed an ab initio fragment molecular orbital (FMO) method by which large molecules such as proteins can be easily treated with chemical accuracy. In the ab initio FMO method, a molecule or a molecular cluster is divided into M fragments, and the MO calculations on the fragments (monomers) and the fragment pairs (dimers) are performed to obtain the total energy that is expressed as a summation of the fragment energies and inter-fragment interaction energies (IFIEs). In this presentation, I will provide a brief description of the ab initio FMO method and demonstrate recent applications in nano-bio field.

1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー、トリマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。今回の発表では、FMO法の概要と、バイオ・ナノ分野におけるFMO法の応用について紹介したい。

Dr. Jun Nara (奈良純)